• Насекомоядные растения: найденные в бедных на азот почвах, эти растения должны использовать белки некоторых маленьких насекомых, захваченных в ловушку в их листьях, чтобы избежать дефицита питательных веществ, приводящего к гибели.

• Лекарственные и Ядовитые растения: растения, представляющие оригинальную цель создания этого Ботанического сада.

• Растения из Эуганских Холмов (Euganean) и Области Тривенето: коллекция растений, традиционно произрастающих на Эуганских Холмах и области, окружающей Ботанический сад. Есть также секция, посвященная коллекционированию, сохранению и исследованию растений, которые внесены в Красную Книгу из-за опасности исчезновения.

До 1984 года, Ботанический сад имел Vitex agnus-castus (целомудренное дерево), которое датировалось, по крайней мере, 1550 годом. В настоящее время, самое старое растение - это пальма, посаженная в 1585 году, названная "пальмой Гёте", потому что поэт упомянул эту пальму в своем эссе "Метаморфозы Растений"; это дерево расположено в оранжерее в Ortus Sphearicus, где есть также гинкго и магнолия, относящиеся ко времени середины 1700-ых годов, которые считаются самыми старыми экземплярами в Европе. Гигантский платан датируется 1680 годом; он отличается тем, что его ствол полый, вследствие удара молнии.

Идея создания Ботанического сада обычно приписывается Андреа Морони, который создал некоторые из самых важных общественных памятников в Падуе, такие как Базилика Санта Гистина в Прато Делла Валле, ратуша и университет в первой половине шестнадцатого столетия. Однако в действительности архитектором был Даниеле Барбаро, венецианский дворянин, который был образованным человеком и переводчиком труда De Vitruvius Architectura. Он следовал примеру средневекового Horti Conclusi (т.н. приложенные сады), используя за основу архитектурный образец - квадрат в пределах круга, разделенный на четыре части двумя лучами, ориентируемыми согласно сторонам света.